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谢邀。
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健康的水生态系统尚无任何国家和企业标准，貌似也不太关心生态系统是否健康，目前的《地表水环境质量标准》都是关于理化指标、大肠杆菌、重金属、毒素等，并不包含浮游动植物、鱼类等这类水生态系统重要组成。由于现在富营养化趋势的加剧，目前在广东、江苏、浙江以及北京等几个地方，对于天然湖泊和水库等的环境监测开始重视浮游植物，特别是前几年频繁爆出的蓝藻水华事件。据我所知，一些地方的水库和河流政府已经禁止网箱养鱼以及类似施肥等其他形式养鱼方式。
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健康的水生态系统具备完整的生态系统结构和功能，生态系统中生物与非生物环境达到物质和能量循环平衡。水生态系统非常复杂，评价一个水生态系统（湖泊）是否健康可以简单从以下几个方面着手：
9 ^4 z* [* Y9 G8 }0 I- X2 J# l 1）水体的营养负荷（N、P）是否过高（OECD有对于富营养化水平有具体的定义）
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2）浮游植物，包括密度，优势种，生物量以及群落结构
6 h7 L$ R5 K y 3）浮游动物，同上，还包括浮游动物浮游植物的牧食压力
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4）鱼类，同上，还包括鱼类对浮游动物的捕食压力是否过高，具体如种类、食性、年龄结构、年产量等
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5）其他农药、重金属等污染状况
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先写这么多吧，这个问题其实也还是蛮大的
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