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原标题:Nature重磅丨大规模癌症数据集及数据可视化平台，推动难治性癌症靶向治疗研究
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2018年10月17日，在一项发表于《自然》期刊的重磅研究中，来自美国俄勒冈健康与科学大学（OHSU）的研究团队历经五年时间，综合外显子组测序、RNA测序和药物敏感性分析，对大量急性髓性白血病（AML）样本进行了深入研究，揭示了AML患者特定突变与靶向治疗药物敏感性之间的关联，并发布了同类癌症中最大规模的数据集。此外，研究人员还基于数据集成功构建了全新的数据可视化平台，有望提高对AML生物学和临床方面的理解，并为相关难治性癌症的研究及靶向治疗提供了范例。论文题为“Functional genomic landscape of acute myeloid leukaemia”。
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长期以来，AML的存活率较低：新诊断患者的五年生存率不足25％，60岁以上AML患者的五年生存率仍低于10％。由于AML并不是一种单一类型的疾病，而具有多种亚型，因此开发有效的AML靶向疗法仍是很大的挑战。目前已在患者中观察到至少11种遗传类别和近2,000种不同的突变基因。在过去40年中，该疾病的治疗进展几乎停滞不前。虽然美国食品和药物管理局（FDA）已经批准了一些针对特定亚型患者的靶向治疗药物，但即使患者出现治疗反应，复发也很常见。
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“虽然我们对这种白血病已经有了深入了解，但仍有很长的路要走，”论文通讯作者、OHSU奈特癌症研究所所长Brian Druker说道。他介绍，论文发布的数据集是同类研究中规模最大的数据集，使用其开发的新型可视化数据平台，研究人员现在可以在几分钟内找到哪种靶向疗法对特定的AML细胞亚群最为有效。“人们可以上网搜索我们的数据库，并很快得到问题的答案：‘这是一种好药吗？’或‘我的药物是否可以在患者群体中发挥作用？’”
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研究发现了以前未在AML中观察到的新突变，以及突变和药物治疗反应之间的关联。例如，观察到FLT3、NPM1和DNMT3A基因突变与依鲁替尼药物敏感性之间存在显著关联，这表明携带这些基因的突变版本（特别是FLT3）的患者可能对该特定疗法更敏感。
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文章共同第一作者、OHSU奈特癌症研究所研究员Jeff Tyner介绍，2013年项目开始时，团队的愿景是收集真正全面的数据集，并试图了解这些样本基因组测序等分子信息以及肿瘤细胞对各种药物的反应。这些具体的临床信息，包括来自409个样本的肿瘤细胞对122种不同靶向疗法的反应，也使这项研究有别于迄今已发表的其他数据集。Tyner说道：“如果收集的临床信息能与研究数据很好地整合，那么就可以基于数据提出更多问题。比方说，医生看到一个AML患者具有特定的基因突变。通过我们的实验室筛查信息，我们的数据集就可以帮助判断基因突变与某些药物敏感性的对应关系。我们相信，该数据集能够帮助研究人员和医生更容易解决这些问题。”
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随着研究的进展，从这些样本中收集到的大量数据也引发了一个重要问题：一旦获得所有这些数据，那么将如何以一种更有意义的方式共享这些数据？基于此，研究团队开发了一个全新的数据可视化平台，名为“Vizome”。研究人员表示，大量高通量的多维数据很可能淹没科学家和临床医生，让他们和新成果之间产生壁垒。这就需要新一代的科学计算方法和策略来管理、整合并可视化数据，从而推动科学进步。Vizome允许任何人对这些数据进行探索，提出问题并寻找答案。
8 {9 P1 ^3 C4 d, [" f0 t% v# u. q 此外，11个合作的学术医疗中心在样本收集和分析中发挥了关键作用。众多提供检测药物的制药及生物技术公司也为这项工作做出了贡献。研究人员表示，该项目体现了对于这种难治性癌症所需的深层次合作，这篇论文的发表也代表了一种新的合作模式。
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参考资料：
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1. Functional genomic landscape of acute myeloid leukaemia
! K0 g7 ]1 G+ H; M9 [ [' | 2. OHSU-led effort results in largest cancer dataset of its kind
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3. Vast leukemia dataset could help researchers match therapies to patients
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招聘丨探基课程策划
, ~0 l" p1 l" ^0 Z6 d 岗位职责与要求：1. 负责测序行业讲座、课程、培训的策划和统筹；2. 对接并招募课程导师，协同导师完成课程设计；3. 生物相关专业，有测序知识或技术经验者优先，研究生以上学历。有意向者可发送简历至：hr@seq.cn
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