项目成果|大黄鱼新型虹彩(DNA)病毒检测及其致病性 - 海洋生物DNA分析

[复制链接]
5 n3 E- e4 @' ^% P- g; _

虹彩病毒是变温脊椎动物的一种重要病原体,被认为是对水产养殖鱼类生产的一个重大威胁。其中,大黄鱼虹彩病毒自2003年首次被报道以来,由于缺乏合适的细胞培养模型,研究进展缓慢。近日,凌恩生物客户浙江省海洋水产研究所及福建农林大学发表文章“Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) in China”,组装获得了大黄鱼(Larimichthys crocea)中虹彩病毒基因组,并首次对大黄鱼中虹彩病毒的遗传和致病性特征化进行系统研究,扩展了研究人员对虹彩病毒的了解。

$ S2 T0 y+ D6 K- G. X
8 g% ^* t2 U' h4 e' h3 a! _$ _

发表期刊:Viruses(IF=5.818)

" E, t2 v) Q: \" S4 a3 Q& G* r

发表时间:2022

9 l6 }9 f1 t" [1 d( Q0 g( ]. Y

样本类型:大黄鱼的鳃、脾脏和肾脏的组织样本

! G1 h0 U; N+ g4 g3 l3 F+ V) @

作者单位:浙江省海洋水产研究所&福建农林大学

: _( |/ v9 C8 |* ^& @: T

实验方法:电镜观察、病毒基因组测序等

( w5 ~& s4 ` x) {3 |

主要结果

5 r8 M# B5 q/ x0 S' z+ ]4 b

1、病原体的鉴定

' a/ c6 N1 i( P' o7 g

根据电镜结果,细胞质中有大量的病毒颗粒。病毒颗粒直径为150-200 nm,具有电子致密核心(图1)。qPCR结果表明,6条感染鱼中有3条对大黄鱼虹彩病毒(LYCIV)呈阳性,Ct值分别为28.11、23.76和31.30。其余三个样品的Ct值分别为0、36.76和37.84。

" |. a1 Z/ g8 ?% S5 u% c7 D
图1 脾脏组织细胞中病毒颗粒的电镜图。A,多个病毒在同一个细胞中;B,在放大的图像中可见成熟病毒粒子的外膜和中央电子透光核。

2、病毒基因组测序和系统发育分析

6 n1 I6 d- c8 R+ d1 n0 d

本研究组装得到病毒基因组(NCBI登录号:MW139932)全长为112,043 bp,GC含量为53.5%(表1)。共鉴定出120个ORF在有义(R)和反义(L)DNA链上编码45-1169个氨基酸的蛋白质。其中43个基因与其他虹彩病毒的基因高度同源,并具有明确的功能(图2)。

. b. }+ a- g0 @1 O; a" |
表1 LYCIV-ZS-2020全长基因组的核苷酸鉴定
图2 LYCIV-ZS-2020基因组结构

系统发育进化树结果表明,本研究获得的病毒与鲳鲹虹彩病毒系统发育紧密聚集,形成了在亚洲分离的其他海洋鱼类虹彩病毒属中的病毒的亚系(图3),将这种新型病毒命名为大黄鱼虹彩病毒Larimichthys crocea IridovirusZS-2020(LYCIV-ZS-2020)。

: a( g8 h) O3 k% f& V0 }
图3 LYCIV-ZS-2020和其他代表性虹彩病毒进行系统发育树分析

3、MCP的原核表达和纯化以及特异性抗体的产生

" l) j& n1 u4 Y6 H/ i* l( T( {

SDS-PAGE和蛋白质印迹(WB)分析结果表明,MCP蛋白分子量约为50 kDa。免疫荧光法(IFA)显示pcDNA-3.1-MCP重组质粒转染细胞有特异性荧光,而免疫前血清转染细胞中未检测到信号(图4)。

8 ?' D$ s# G& v. D1 m
- X# k. N/ `; U0 M& T
图4 LYCIVMCP蛋白的表达及抗体的制备

4、LYCIV-ZS-2020在大黄鱼中的致病性

i/ Z, C+ k- _6 g8 O

感染LYCIV-ZS-2020的大黄鱼组显示累积死亡率为52%,主要在注射后4至9天死亡。在模拟感染组中,在注射后9,10和12天死亡(图5A)。通过qPCR对组织样本的分析显示,在感染鱼类的脾脏、肾脏、鳃和头肾中检测到LYCIV,在注射后14天内可持续检测到相当数量的病毒基因组拷贝。

5 R1 e2 x3 ^1 r5 }! R
8 e* ~9 X/ n$ ?
, r9 h2 ]( K- [& W- E3 l3 i

小结

4 J% E. M- Y+ K& a

本研究鉴定出一个新的大黄鱼虹彩病毒株,完成了其全基因组测序,并开展了致病性研究,为大黄鱼虹彩病毒防控奠定了理论基础和数据支持。

+ Z3 k$ X) |& j N3 J

凌恩生物具有丰富的病毒基因组项目经验,目前已成功完成猫冠状病毒、疱疹病毒基因组等项目,可以对全新的病毒进行测序分析,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因组序列,解析编码信息,并获得相应的变异信息,多种基因预测软件+人工校正确保基因预测结果更加准确!更有比较基因组分析等满足个性化科研分析要求!

0 h4 ]6 N [% d: {, R

参考文献:Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) in China.

, P% m5 N: J0 W. X$ I% V- H

DOI: 10.3390/v14020208

: Q" o8 _( T# S9 U" d+ Y1 V - x2 x- c% S1 R5 C/ s# h V H+ i b5 E / [" O' C3 |+ _ f" @7 Q! [9 I8 S; k
回复

举报 使用道具

全部回帖
暂无回帖,快来参与回复吧
懒得打字?点击右侧快捷回复 【吾爱海洋论坛发文有奖】
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册
小仙居
活跃在2025-1-26
快速回复 返回顶部 返回列表