项目成果|大黄鱼新型虹彩(DNA)病毒检测及其致病性 - 海洋生物DNA分析

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虹彩病毒是变温脊椎动物的一种重要病原体,被认为是对水产养殖鱼类生产的一个重大威胁。其中,大黄鱼虹彩病毒自2003年首次被报道以来,由于缺乏合适的细胞培养模型,研究进展缓慢。近日,凌恩生物客户浙江省海洋水产研究所及福建农林大学发表文章“Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) in China”,组装获得了大黄鱼(Larimichthys crocea)中虹彩病毒基因组,并首次对大黄鱼中虹彩病毒的遗传和致病性特征化进行系统研究,扩展了研究人员对虹彩病毒的了解。

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发表期刊:Viruses(IF=5.818)

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发表时间:2022

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样本类型:大黄鱼的鳃、脾脏和肾脏的组织样本

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作者单位:浙江省海洋水产研究所&福建农林大学

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实验方法:电镜观察、病毒基因组测序等

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主要结果

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1、病原体的鉴定

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根据电镜结果,细胞质中有大量的病毒颗粒。病毒颗粒直径为150-200 nm,具有电子致密核心(图1)。qPCR结果表明,6条感染鱼中有3条对大黄鱼虹彩病毒(LYCIV)呈阳性,Ct值分别为28.11、23.76和31.30。其余三个样品的Ct值分别为0、36.76和37.84。

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图1 脾脏组织细胞中病毒颗粒的电镜图。A,多个病毒在同一个细胞中;B,在放大的图像中可见成熟病毒粒子的外膜和中央电子透光核。

2、病毒基因组测序和系统发育分析

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本研究组装得到病毒基因组(NCBI登录号:MW139932)全长为112,043 bp,GC含量为53.5%(表1)。共鉴定出120个ORF在有义(R)和反义(L)DNA链上编码45-1169个氨基酸的蛋白质。其中43个基因与其他虹彩病毒的基因高度同源,并具有明确的功能(图2)。

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表1 LYCIV-ZS-2020全长基因组的核苷酸鉴定
图2 LYCIV-ZS-2020基因组结构

系统发育进化树结果表明,本研究获得的病毒与鲳鲹虹彩病毒系统发育紧密聚集,形成了在亚洲分离的其他海洋鱼类虹彩病毒属中的病毒的亚系(图3),将这种新型病毒命名为大黄鱼虹彩病毒Larimichthys crocea IridovirusZS-2020(LYCIV-ZS-2020)。

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图3 LYCIV-ZS-2020和其他代表性虹彩病毒进行系统发育树分析

3、MCP的原核表达和纯化以及特异性抗体的产生

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SDS-PAGE和蛋白质印迹(WB)分析结果表明,MCP蛋白分子量约为50 kDa。免疫荧光法(IFA)显示pcDNA-3.1-MCP重组质粒转染细胞有特异性荧光,而免疫前血清转染细胞中未检测到信号(图4)。

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图4 LYCIVMCP蛋白的表达及抗体的制备

4、LYCIV-ZS-2020在大黄鱼中的致病性

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感染LYCIV-ZS-2020的大黄鱼组显示累积死亡率为52%,主要在注射后4至9天死亡。在模拟感染组中,在注射后9,10和12天死亡(图5A)。通过qPCR对组织样本的分析显示,在感染鱼类的脾脏、肾脏、鳃和头肾中检测到LYCIV,在注射后14天内可持续检测到相当数量的病毒基因组拷贝。

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小结

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本研究鉴定出一个新的大黄鱼虹彩病毒株,完成了其全基因组测序,并开展了致病性研究,为大黄鱼虹彩病毒防控奠定了理论基础和数据支持。

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凌恩生物具有丰富的病毒基因组项目经验,目前已成功完成猫冠状病毒、疱疹病毒基因组等项目,可以对全新的病毒进行测序分析,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因组序列,解析编码信息,并获得相应的变异信息,多种基因预测软件+人工校正确保基因预测结果更加准确!更有比较基因组分析等满足个性化科研分析要求!

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参考文献:Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) in China.

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DOI: 10.3390/v14020208

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小仙居
活跃在2024-11-5
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