' d# N7 @% ~* Z$ G' D 虹彩病毒是变温脊椎动物的一种重要病原体,被认为是对水产养殖鱼类生产的一个重大威胁。其中,大黄鱼虹彩病毒自2003年首次被报道以来,由于缺乏合适的细胞培养模型,研究进展缓慢。近日,凌恩生物客户浙江省海洋水产研究所及福建农林大学发表文章“Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) in China”,组装获得了大黄鱼(Larimichthys crocea)中虹彩病毒基因组,并首次对大黄鱼中虹彩病毒的遗传和致病性特征化进行系统研究,扩展了研究人员对虹彩病毒的了解。
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. O( S( E# u" F2 S5 _0 ? 发表期刊:Viruses(IF=5.818)
' w2 z/ ?% C: |+ j 发表时间:2022 $ C- j! F8 C8 G6 j
样本类型:大黄鱼的鳃、脾脏和肾脏的组织样本
/ ^3 t( ]& p1 J" U0 |! i" W, d 作者单位:浙江省海洋水产研究所&福建农林大学
: I1 w9 [ }+ i6 s# ?) ~6 C 实验方法:电镜观察、病毒基因组测序等 4 d$ z+ S: o/ ?* X
主要结果 7 f, [* U# p2 Y; w5 j% F' K
1、病原体的鉴定
7 [$ e _0 h7 S8 C1 o9 w 根据电镜结果,细胞质中有大量的病毒颗粒。病毒颗粒直径为150-200 nm,具有电子致密核心(图1)。qPCR结果表明,6条感染鱼中有3条对大黄鱼虹彩病毒(LYCIV)呈阳性,Ct值分别为28.11、23.76和31.30。其余三个样品的Ct值分别为0、36.76和37.84。 7 J. |# J1 Q; c- v+ `0 q* N
图1 脾脏组织细胞中病毒颗粒的电镜图。A,多个病毒在同一个细胞中;B,在放大的图像中可见成熟病毒粒子的外膜和中央电子透光核。2、病毒基因组测序和系统发育分析 & N2 K# z* w" S
本研究组装得到病毒基因组(NCBI登录号:MW139932)全长为112,043 bp,GC含量为53.5%(表1)。共鉴定出120个ORF在有义(R)和反义(L)DNA链上编码45-1169个氨基酸的蛋白质。其中43个基因与其他虹彩病毒的基因高度同源,并具有明确的功能(图2)。
5 U9 C3 `3 g! C 表1 LYCIV-ZS-2020全长基因组的核苷酸鉴定图2 LYCIV-ZS-2020基因组结构系统发育进化树结果表明,本研究获得的病毒与鲳鲹虹彩病毒系统发育紧密聚集,形成了在亚洲分离的其他海洋鱼类虹彩病毒属中的病毒的亚系(图3),将这种新型病毒命名为大黄鱼虹彩病毒Larimichthys crocea IridovirusZS-2020(LYCIV-ZS-2020)。
; W4 }) ]0 j' ? r 图3 LYCIV-ZS-2020和其他代表性虹彩病毒进行系统发育树分析3、MCP的原核表达和纯化以及特异性抗体的产生 ) l" y$ q: d# W }+ t/ u- L
SDS-PAGE和蛋白质印迹(WB)分析结果表明,MCP蛋白分子量约为50 kDa。免疫荧光法(IFA)显示pcDNA-3.1-MCP重组质粒转染细胞有特异性荧光,而免疫前血清转染细胞中未检测到信号(图4)。 # @) K: w; j+ t/ s* |2 w6 b# S( u
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图4 LYCIVMCP蛋白的表达及抗体的制备4、LYCIV-ZS-2020在大黄鱼中的致病性 ' p2 q! b( \3 {8 \: G
感染LYCIV-ZS-2020的大黄鱼组显示累积死亡率为52%,主要在注射后4至9天死亡。在模拟感染组中,在注射后9,10和12天死亡(图5A)。通过qPCR对组织样本的分析显示,在感染鱼类的脾脏、肾脏、鳃和头肾中检测到LYCIV,在注射后14天内可持续检测到相当数量的病毒基因组拷贝。 % r9 a# v! E! z) y s4 |5 H
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小结
, |% w" B) y' @- D: n 本研究鉴定出一个新的大黄鱼虹彩病毒株,完成了其全基因组测序,并开展了致病性研究,为大黄鱼虹彩病毒防控奠定了理论基础和数据支持。 / }- D& j8 c, y4 X
凌恩生物具有丰富的病毒基因组项目经验,目前已成功完成猫冠状病毒、疱疹病毒基因组等项目,可以对全新的病毒进行测序分析,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因组序列,解析编码信息,并获得相应的变异信息,多种基因预测软件+人工校正确保基因预测结果更加准确!更有比较基因组分析等满足个性化科研分析要求!
2 F3 s% S; V+ ?4 M8 n; P* w: A 参考文献:Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) in China.
5 X" K; x& ^5 @- H4 U DOI: 10.3390/v14020208 + ?3 F& l% e: W! J4 O- [9 Z- |
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