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xmitgcm下载LLC海洋模式数据

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上一节,我们介绍了xmitgcm的LLCreader入门操作,总体上这个工具可以通过网络自动加载门户网站(ECCO)的模式数据,实现对模式LLC4320(PB级)和LLC2160的读取。但还有许多问题尚未解决:
  • • 能否保存数据到本地
  • • 能否按照经纬范围选取数据
  • • 能否选择连续的一段时间(如70天,每小时一个)
  • • 能否做较复杂计算8 b6 r8 s, f2 H( T
本节先介绍怎么通过LLCreader将数据下载本地,并使用GMT绘图。

4 G( M  [1 D" I, S# Z1 M" A
步骤加载llcreader
* S" _, f1 w- D# E4 Fimport xmitgcm.llcreader as llcreader: f, ?6 g. D/ h
& ~; {$ l( h0 H3 h
初始化模型
因为LLC4320数据体量较大,这里先以LLC2160为例。我们选择Theta进行导出测试。
model = llcreader.ECCOPortalLLC2160Model()! i0 @% p* \1 R& \0 J& D

+ D) u9 l2 |7 c4 `4 Zds_sst = model.get_dataset(varnames=['Theta'], k_levels=[0], type='latlon',
' U) R/ H- s$ N% D* k; s' h* w/ ^                          iter_start=model.iter_start,
3 a2 ^% J# N, h! _4 o' M" |                          iter_stop=(model.iter_start + model.iter_step),
3 Z  z9 M8 d9 b( C4 |; D                          read_grid=True)
" z" T! I/ k& J, I% u; w/ \! o: Nds_sst.Theta                          
e17c398cadb9e820fdac5f77c3133fe4.png
ds_sst的数据结构为Xarray的dataset,ds_sst.Theta的数据结构为Xarray的dataarray。可以看到Theta的数据大小是231M,这只是一个1小时快照的单层全球数据,体积不算太大。
58abfadff7631b95c513bd2043e38d04.png
. v# C4 [' l5 v9 O1 M; `  |7 g5 `
上图为其coordinates,这是dataarray数据结构的一个关键术语,其中黑色粗体i,j,k,time表示维度坐标(Dimension coordinate),其他为无维度坐标(Non-dimension coordinate)。
. Q2 E; L! w2 X7 ^/ W
绘图查看
! M1 z; e/ u) q8 p2 R. I" {: I4 w* y6 n/ U9 S. n9 o
temp.Theta.plot()
f270b69e1b4897a0cd47fc89f200ecb6.png
维度坐标i,j作为其x和y轴,另一维度time和k(深度0)出现在标题上。
因为LLC为特殊的网格结构,这里暂时不能直接实现地理绘图。后面会对此进行单独介绍。
% t  k' u! V8 v/ w+ h- f
保存 .to_netcdf()
# e+ e5 O0 S: g+ d' V) }
to_netcdf()是Xarray内置的函数,可将数据保存为nc格式。注意数据保存和llcreader函数无关,llcreader的主要作用是在线获得LLC模式数据,并转化成Xarray特有的数据结构,后面所有的操作都是使用Xarray,因此有必要对Xarray做全面的学习。后面会对此介绍。
ds_sst.Theta.to_netcdf('myfile.nc')
上述命令可以将Theta参数保存。通过panoply可以绘图展示SST参数的全球分布:
91cc1704eec295e82dba5dc4b4ea2558.png
删除不重要的坐标
/ j( U& o, u6 N6 m, T
但可以发现保存的文件大小是2.5G,远远超过了其自身大小,这是什么原因呢?
27bd7c12fcde88ccd1396cf073f4d373.png
  }  E* X7 \; Z) U4 U2 }8 t5 o
原来是把无维度坐标全部保存了,这些坐标其实也是数据,因此占用很大空间。一共有11个这样的2D坐标,再加上Theta,数据体积就达到2.5G了。$ I- d+ ^7 t- j  }  L
# W5 p+ p3 j$ \2 G+ F
d403e8d05dabb82f32cb37999f6e03f8.png
这些无维度坐标可以删去:
ds_sst.Theta.reset_coords() # 将无维度坐标转为变量(不删除)
1 C6 ]' `8 E! u/ Cds_sst[["Theta"]].reset_coords(drop=True) # 将会删去无维度坐标
976ce67a006158504eefcf096d561940.png
若想保留某些坐标,比如经纬度XC,YC:
ds_sst.Theta.reset_coords()[["XC", "YC","Theta"]]
上面使用了[[ ]]做变量的筛选。
然后保存:
ds_sst[["Theta"]].reset_coords(drop=True).to_netcdf('myfile2.nc')% h8 t( D4 `2 _8 J
ds_sst.Theta.reset_coords()[["XC", "YC","Theta"]].to_netcdf('myfile3.nc')
这样,数据体积就小了,其中myfile2.nc仅包含Theta,大小213M。

8 b$ P+ @! t2 z  a2 Q
GMT绘图: n; [5 [5 J) g& S! R5 S
GMT绘图比ython自带函数更加强大,既然已经下载到本地,则看一下GMT绘图效果:
gmt begin ex02 png
9 |7 Q3 j4 q6 g# \" d, D: k) G  K9 |    gmt set MAP_ANNOT_OBLIQUE 0
6 }0 z+ H5 @# i" R    gmt subplot begin 2x1 -A+JTL -Fs16c/10c -M0 -R1000/2000/2500/3500 -JX15/13c -B100 -T"Aghulhas Rings"# Y3 Y* H4 h" _* }
        gmt subplot set 0,0 -Ce3c
; y  Y7 |) _/ g2 u5 s4 m9 U: `        gmt grd2cpt myfile3.nc?Theta -Cjet -Z: \& B1 f: \% F; r( X
        gmt grdimage myfile3.nc?Theta -I+a90  
; X8 u% ?0 g7 ^! C% w& O" n, z        gmt colorbar -DJRM+o1.5c/0+mc -I0.3 -Bx2+lTheta -By+ldegree% J1 Y& I) ]7 x; |! {! G. ~; P5 c
* P7 I# k4 u0 t% j& x: N: ]& S3 _
        gmt subplot set 1,0 -Ce3c+ ]- Y6 V& }8 F. u- J0 }
        gmt grd2cpt myfile4.nc?Theta -Crainbow -Z
; @: I1 l% ~( j) B$ e        gmt grdimage myfile4.nc?Theta1 n8 M0 Y, z% t9 M+ m
        gmt colorbar -DJRM+o1.5c/0+e+mc -Bx2+lTheta -By+ldegree" \. C) _8 B2 K1 t, |
    gmt subplot end3 W5 M$ R8 g7 W+ x5 T$ b3 v, D
gmt end show ) \) v* U" D- Q, E# A! Q5 @  p
c8c573203e6afdb5b6b0dd2d6cb60576.png
台湾海域
1c9c67d88f9b8f004fc59c26c772f279.png
下节预告
  • • 范围的筛选
  • • 时间维度的连续导出
    8 F$ \. A! ?% s- i* q* p3 @5 r

/ z. M6 H7 f  C- `# O. ~, @
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