在研究生培养方面，学院设有海洋科学一级学科硕士点和海洋气象学二级学科硕士点，研究生的学制为3年（年限最长不超过5年），总学分要求为26学分。课程类型包括了公共基础课、专业基础课、限选课、专业选修课以及实践环节。
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学院对硕士研究生培养采取课程学习和论文工作并重的方式，课程学习一般在一年内完成，从事论文工作的时间一般不得少于一学年。整个培养过程贯彻理论联系实际的方针，使研究生掌握本专业的基础理论和专门知识，掌握科学的基本方法，并具有一定的实践经验和实践能力。硕士研究生培养实行导师负责制，采取导师负责和指导小组集体培养相结合的方式。
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学院硕士点的培养方向包括：; |: N8 N) ~" ?0 R. J5 q
' r" Q+ |' @* Q1 G9 j7 P （1）物理海洋学：具体研究方向为上层海洋动力学、海洋多尺度运动过程、海洋数值模拟和数据同化、海洋生态动力学、海洋物质输运；" b/ _; B: ^) F" `2 X& z9 h
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（2）海洋技术：具体研究方向为海洋动力环境微波遥感机理与算法、海洋生态环境遥感机理与算法、海洋遥感观测设备研制和应用；# h! m! m9 s/ R" y% b5 n, x x
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（3）海洋环境演变与全球变化：具体研究方向为海洋沉积过程与环境、海洋污染生态化学、海洋生物地球化学与全球变化；5 G! b E" X4 H8 R: g
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（4）大气海洋相互作用：具体研究方向为海洋气象学、海气相互作用、气候变化等。- V4 K6 Y! f, X
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